中国食品工业协会顾问，中国食品工业协会白酒专业协会名誉会长，中国食品发酵工业研究所名誉所长，教授、高级工程师，国家有突出贡献专家。1931年毕业于上海国立劳动大学农学院。1931～1936年先后留学比利时国立圣布律农学院、布鲁塞尔大学植物学院博士班，德国柏林大学发酵学院。1936年9月回国，先后在复旦大学、南京大学等院校任教授、系主任等职。1949年底之后，历任中央食品工业部参事、中央轻工业部参事、轻工业部食品发酵工业科学研究所所长、名誉所长等职。
秦含章是我国老一辈的科学家和工程师，也是新中国食品科学技术和工业发酵与酿造技术的拓荒者和学术带头人。他学识渊博，造诣甚深，理论联系实际，积极培养青年一代，桃李众多，为推动我国酿酒工业的发展做出了突出贡献。他三度在法国调查研究葡萄酿酒的科学技术，把法国、德国、意大利、瑞士、美国的经验运用到我国的实际生产中，从而写成了《葡萄酒的科学技术》等专著，共六册。他写的《新编酒经》一书，对发展我国的酒文化作出了重要贡献。他参加《中国大百科全书》的编纂工作，成绩显著，荣获国家新闻出版署颁发的荣誉证书及金质奖章。他在山西汾酒厂蹲点时，从汾酒的生产过程逐一研究定型，提高质量，解决了老大难问题，促使汾酒能“多、快、好、省、”地发展；该厂因而获得了全国科学大会的重大成果奖，他在主持食品发酵工业科学研究所工作期间，始终贯彻“积资料、创条件、出人才、拿成果”的办所方针，做到科研为生产服务，理论联系实际，创建和培养硕士研究生中心，多种科研成果转让到对口生产企业，促进了经济发展。由于他的突出贡献和重大成就，经国务院批准为轻工系统的对国家有突出贡献专家，享受政府特殊津贴。
秦含章的主要著作有：《酿造酱油之理论与技术》、《面包工业》、《酒精工厂的生产技术》、《老姆酒酿造概要》、《法国的食品工业》、《法国发展啤酒工业的经验》、《现代酿酒工业综述》、《葡萄酒鉴评学和饮用法》（《葡萄酒的感官特征及其风味科学研究》）、《葡萄酒分析化学》、《葡萄酿酒的科学技术》、《酿造名优白酒的科学技术》、《新编酒经》等。
与他人共同编写的专业书刊主要有：《酒曲集锦》、《中国大百科全书》（《轻工卷》、《烹饪卷》等专门卷的设计和审稿、写稿）、《轻工业国内外生产技术水平及发展状况》、《英汉食品工业词汇》、《英汉辞海》等。